Como assim? Reprovaste na 1ª fase por estares doente (e, assumo eu, ter faltado sem entregar justificação), ou vais faltar na 2ª fase por estares doente a um exame a que reprovaste na 1ª fase?
Se for este segundo caso, deves pedir ao JNE que te permita realizar exames em época especial, justificando a tua falta com base na situação de doença devidamente comprovada.