A segunda fase no 12º ano é um pouco diferente da segunda fase no 11º. O que acontece é que enquanto aluno de 11º ano na segunda fase tu podes recuperar a tua nota interna, ou seja, podes recuperar a nota da disciplina e utiliza-la na primeira fase de candidatura, o mesmo não acontece no 12º em que "o que acontece na segunda fase vai ficar na segunda fase", por essa mesma razão, creio que mesmo que vás à segunda fase como externo, só terás efeitos de nota na segunda fase e não na primeira.
É melhor o @davis confirmar
