Depende eu já mudei e foi em minutos mas acho que podes fazer a matrícula na mesma... Se não der, vais reparar que no perfil> geral > dados curriculares diz "Estado do Processo: incompleto" ou algo semelhante mas é só esperares a validação.
Isso aconteceu a uma colega minha no 2º ano mas não sei se ela não se conseguia matricular por isso ou se era por não terem sido lacradas as notas do 1º ano... Ainda assim, experimenta fazer a matrícula