UA Bioinformática | Mestrado em Bioinformática Clínica | 1ª Edição - 2021/2022 |

Rafael.

Membro Dux
Colaborador Editorial
Apoiante Uniarea
Matrícula
18 Fevereiro 2016
Mensagens
825
Curso
Bioinformática Clínica
Instituição
Universidade de Aveiro
Olá a todos!

A Universidade de Aveiro adiciona neste próximo ano letivo 2021/2022 um novo mestrado no ramo da Bioinformática Clínica (único no país), uma área em rápida expansão e cada vez mais necessária neste mundo do Big Data! Para além das competências transferiveis para outras áreas que este mestrado proporciona (ver Objetivos Gerais do Mestrado), este ciclo de estudos permite ainda a escolha de 2 ramos - Apoio à Decisão Clínica e Bioinformática do Genoma (Conteúdos programáticos disponiveis na tabela deste tópico, no documento em anexo ou ainda na página do mestrado, clicando aqui). O objetivo primário deste tópico é dar a conhecer este novo ramo da Bioinformática Clínica, mas também discutir eventuais dúvidas relacionadas com os ramos da Bioinformática em geral e Biologia Computacional que a comunidade estudantil possa ter 😁

Candidaturas

Podes realizar a tua candidatura clicando aqui e os próximos prazos de candidaturas são:

2ª fase – 19 de julho a 4 de agosto de 2021
  • Verificação das candidaturas – até 20 de agosto de 2021
  • Seriação dos candidatos – 23 de agosto a 2 de setembro de 2021
  • Aprovação e publicação da lista de colocação dos candidatos – 3 de setembro de 2021
  • Reclamações – 4 a 13 de setembro de 2021
  • Matrícula e inscrição dos candidatos colocados – 15 a 17 de setembro de 2021
  • Início das aulas – setembro de 2021
3ª fase – 27 a 30 de setembro de 2021
  • Verificação das candidaturas – até 8 de outubro de 2021
  • Seriação dos candidatos – 11 a 14 de outubro de 2021
  • Aprovação e publicação da lista de colocação dos candidatos – 15 de outubro de 2021
  • Reclamações – 16 a 20 de outubro de 2021
  • Matrícula e inscrição dos candidatos colocados – 21 a 24 de outubro de 2021
Objetivos Gerais do Mestrado
  • Análise de dados em Ciências Médicas (Estatistica Médica, Análise de Dados multivariados, Estatistica Bayesiana...)
  • Bases de Dados e Programação (Algoritmos, Python, R, SQL, Linux...)
  • Machine Learning, Inteligência Artificial e Mineração de Dados
  • Abordagem multidisciplinar às ómicas (Genómica, Transcriptómica, Proteómica, Metabolómica, Epigenética...)
  • Investigação Clínica, Apoio à decisão Clínica e Gestão de dados Clínicos (Boas praticas clinicas, processo de desenvolvimento de medicamentos, SOPs, framework legislativo, preparaçao de ensaios clínicos...)
Esta tríade de conhecimentos (ciências da computação, estatística e medicina) pretendem dotar o aluno de competências na área da Medicina Personalizada (Medicina de Precisão, Medicina Estratificada ou Medicina P4) de modo a desenvolver intervenções adaptadas ao perfil de cada paciente melhorando assim o diagnóstico clínico!

Plano Curricular - 1º Ano

1º ano - 1º Semestre
1º ano - 2º Semestre
1. Introdução ao ambiente R e RStudio

  • importação e exportação de dados
  • estruturas de dados
  • análise exploratória de dados
  • estruturas de controlo e funções
2. Inferência estatística no R

  • intervalos de confiança
  • testes de hipóteses
3. Introdução à reamostragem e simulação no R

  • testes de permutação
  • bootstrap
  • método de monte Carlo
Finalidade e objetivos dos sistemas de informação clínica;
- Saúde digital (digital health) no contexto da estratégia europeia para os cuidados de saúde;
- Registo de informação clínica (electronic health records);
- Exemplos práticos de sistemas de informação nos cuidados de saúde primários e hospitalares (e.g. Sclinic);
- Interoperabilidade da informação clínica;
- Normas de interoperabilidade de informação clínica;
- Terminologias e ontologias;
- Uso primário e uso secundário da informação clínica;
- Inteligência artificial e ferramentas de apoio ao diagnóstico e à tomada de decisões clínicas;
- Uso secundário de Informação e suas implicações na investigação clínica;
- O uso secundário de informação clínica e as pragmatic trials;
- Regulamentos de proteção, tratamento e livre circulação de dados pessoais;
- Mecanismos de segurança dos sistemas de informação clínica.
1. Generalidades sobre inferência estatística

  • Distribuições de amostragem
  • Estimação pontual
  • Estimação intervalar
  • Testes de hipóteses: erros e métodos
2. Intervalos de confiança em medidas de efeito epidemiológicas e clínicas

  • Intervalos exatos e aproximados
3. Testes de hipóteses em medidas de efeito epidemiológicas e clínicas

  • Abordagem paramétrica e não paramétrica
4. Testes para comparação de dois ou mais grupos

  • Abordagem paramétrica e não paramétrica
  • Comparações múltiplas
5. Testes de equivalência e não inferioridade

6. Revisão crítica de artigos científicos na área da estatística médica
-Introdução à linha de comandos em ambiente Linux;
- Tipos de dados em bioinformática;
- Representação eficiente de dados, segurança, e privacidade;
- Controlo de qualidade dos dados de sequenciação;
- Algoritmos para alinhamento de sequências;
- Algoritmos para a visualização de dados em bioinformática;
- Algoritmos para pesquisa de sequências exatas e aproximadas;
- Medidas de similaridade;
- Análise de dados de metagenómica;
- Reconstrução eficiente de genomas virais.
Esta UC contempla uma componente de introdução geral, seguida do estudo exemplificativo de patologias específicas, que são trabalhadas numa lógica de Medicina de Sistemas (ex. Asma, Enfarte agudo miocárdio, AVC e intoxicação aguda).
Parte1: O ser humano como um sistema aberto:
1. O todo é superior à soma das suas partes;
2. O sistema tem características próprias;
3. As componentes de um sistema são interdependentes;
4. Sistemas e subsistemas relacionam-se e estão integrados;
5. Os sistemas exercem autorregulação e controlo e ‘procuram’ uma situação de equilíbrio;
6. Os sistemas influenciam o meio exterior e vice-versa.

Parte2: Medicina de Sistemas aplicada a patologias:
7. Identificar alterações moleculares relevantes;
8. Alterações patofisiológicas e histológicas;
9. Identificar os sinais e sintomas;
10. Definir e classificar a patologia recorrendo a procedimentos integrados;
11. Enquadramento clínico e determinação de fatores externos (nutrição/ambiente/fármacos);
12. Testes/Meios complementares de diagnóstico;
13. Simulação clinica.
  1. Evolução dos Sistemas de Base de Dados
  2. Formatos de Armazenamento de Dados
  3. Modelos de Base de Dados
  4. Modelo Relacional
  5. Structured Query Language
  6. Bases de Dados NoSQL
  7. Processamento e Visualização e Dados
Valores e tipos de dados.

- Variáveis, operadores e expressões

- Funções, parâmetros e variáveis locais

- Instruções de decisão

- Instruções de repetição

- Recursividade

- Sequências: strings, listas, tuplos

- Conjuntos e dicionários

- Ficheiros e dados persistentes

- Definições por compreensão e geradores

- Operadores funcionais: map, filter, reduce

- Utilização de módulos (numpy, matplotlib)

- Pesquisa e ordenação.
- Aprendizagem Computacional
- Metodos Bayesianos
- Analise de Dados Multivariados
- Complementos de Estatistica Médica
- Mineração de dados a larga escala
- Sistemas Inteligentes
- Microbiologia, Infeção e Imunidade
- Neurociencias
- Patologias do transcriptoma
- Envelhecimento e Doenças Crónicas
- Gestão da Qualidade em Saude

* Conteúdos programáticos das unidades curriculares disponiveis no documento em anexo neste tópico
1. Modelos de organização de um serviço de saúde
2. A ética e o segredo médico
3. A relação médico-doente
4. Terminologia médica e do seu significado.
5. O processo de diagnóstico
5.1. Semiologia, história clínica, meios auxiliares de diagnóstico, diagnósticos diferenciais.
5.2. Utilização dos meios auxiliares de diagnostico, nas várias áreas clínicas como ferramenta para integração de informação.
6. Intervenção terapêutica:
6.1. Farmacológica (medicamentos, biológicos e terapias avançadas)
6.2. Não Farmacológica (Dispositivos médicos e outras técnicas de intervenção terapêutica)
7. O papel da prevenção da doença
8. A importância de um Score, como se constrói a base de dados.
9. Relatórios de apoio à decisão clínica.
10. Trabalhar em equipas multidisciplinares no setor da saúde
1. Perspetiva Histórica da Investigação Clínica
2. Princípios Éticos na Investigação Clínica,
3. Questão de Investigação,
4. Integridade na Investigação Clínica: Individual e responsabilidade institucional, conflito de interesse
5. Investigação clínica com populações vulneráveis
6. Quadro regulamentar e legal da investigação clínica
7. Proteção de dados pessoais sensíveis na investigação clínica
8. A perspetiva do doente na investigação clínica
9. Avaliação de tecnologias de saúde na investigação clínica
10. Imagiologia na investigação clínica
11. Biobancos em Investigação clínica
12. Genoma Humano, genómica e a investigação Clínica,
13. Gestão das amostras de doentes.
1. Aula Introdutória, programa da disciplina, bibliografia e métodos de avaliação
2. Introdução aos ácidos nucleicos e expressão genética
3. Transmissão genética e genética de populações
4. Metodologias de DNA recombinante
5. Expressão genética em Humanos
6. Variabilidade genética e suas consequências nos humanos
7. Mapeamento genético
8. Epigenética e doenças associadas
9. Testes genéticos, rastreios populacionais
10. Manipulação genética de organismos modelo
11. Introdução à terapia genética
1. Aula Introdutória, programa da disciplina, bibliografia é métodos de avaliação
2. Introdução à biologia do genoma
3. Metodologias de sequenciação de genomas
4. Metodologias de análise de sequências de DNA-I
5. Metodologias de análise de sequências de DNA-II
6. Estrutura primária dos genomas e browsers de genomas
7. Introdução à genética de populações
8. Introdução aos Genome wide association studies (GWAS)
9. Introdução à análise de transcriptomas, metabolomas e proteomas
10. Introdução à metagenómica e microbiomas
11. Farmacogenómica


2º ano

No 2º ano tens a possibilidade de realizar a Tese/Projeto/Estágio enquanto fazes 2 unidades curriculares: Seminário e 1 Opção Livre (6 ECTS) à tua escolha! Este mestrado confere competências cada vez mais procuradas nas empresas farmacêuticas, de ensaios clínicos, nos hospitais que desenvolvem investigação clínica e nos centros de investigação biomédica e clínica.

Projetos

O departamento de Ciências Médicas da UA pertence ainda a um consórcio (GenomePT) que tem como objetivo fornecer serviços de sequenciação e bioinformática a diversos parceiros (nacionais como internacionais) no serviço nacional de saúde e empresas da saúde, farmaceuticas, biotecnologia e alimentar! Para além disso, a UA tem ainda o iBiMED (Instituto de Biomedicina) com research facilities neste ramo da Genómica (iBiGen) e da Biologia Computacional e parcerias com o Centro Hospitalar Baixo Vouga, Aveiro.

Artigos da UA publicados na área (em atualização)
Importância da sequenciação na medicina de precisão
 

Attachments

Última edição:
  • Fabulous
  • Like
Reactions: Ariana_ and Wraak

marianagf

Membro
Matrícula
5 Setembro 2016
Mensagens
84
Curso
Biologia
Olá Rafael!
Na tua opinião, o que distingue este mestrado de outros na área da bioinformática que existem noutras universidades? Achas que este dá as mesmas saídas que os outros?

Muito obrigada desde já! :)
 

Rafael.

Membro Dux
Colaborador Editorial
Apoiante Uniarea
Matrícula
18 Fevereiro 2016
Mensagens
825
Curso
Bioinformática Clínica
Instituição
Universidade de Aveiro
Olá Rafael!
Na tua opinião, o que distingue este mestrado de outros na área da bioinformática que existem noutras universidades? Achas que este dá as mesmas saídas que os outros?

Muito obrigada desde já! :)
Olá!

Este mestrado é realmente uma novidade a nível nacional (o mais "próximo" seria o de Bioinformatica e Bioestatistica Aplicadas a Saude no politecnico do porto) e o plano curricular é comparavel com outros cursos de mestrado nesta mesma área a nível europeu, no entanto, e apesar de ter um foco mais clínico/médico, este 2º ciclo de estudos possibilida a aquisição das tais competências transferiveis que já mencionei. Acredito que esse seja o principal ponto chave deste mestrado quando comparado com os restantes a nivel nacional - Um foco clínico tanto a nível de diagnóstico assim como de apoio à decisão, permitindo assim ao aluno começar a desenvolver projetos e envolver-se em equipas de investigação clínica, por exemplo :) Vou deixar em anexo alguns dos screenshots das parcerias que este mestrado tem com algumas das farmaceuticas e hospiais (como a AstraZeneca, BlueClinical, Bluepharma, Centro Clinico de Braga, Centro Hospitalar Baixo Vouga, Datamedica, Eurotrials, Fundação Champalimaud, iMM, IPO, maio clinic e W4Research). Uma das principais saidas deste mestrado seria precisamente nos ensaios clinicos como CDM (clinical data manager), Statistical Programmer, desenvolver software como CRF (case report form) e, possivelmente, desenvolver trabalho no ramo da estatistica médica.

Se te interessares mais pelo ramo da Biologia Computacional (modelação e design de farmacos, ou até modelação ecológica, por exemplo), creio que outros mestrados que tenham essa componente sejam preferiveis (como Biologia Computacional em coimbra ou Bioinformatica e Biologia Computacional no porto ou lisboa). No entanto, este mestrado em Bioinformatica Clinica oferece a possibilidade de realizar uma opção livre e poderás escolher cadeiras de design de farmacos (como quimica medicinal) para teres algumas bases!

A nivel de saidas, acredito que os mestrados neste ramo da Bioinformatica/Biologia Computacional consiga dar as bases essenciais de analise de dados, estatistica e programação, por isso, diria que a escolha de um em relação a outro não te vai "restringir" em nada. Tenho colegas que fizeram mestrado em Bioinformatica na U.Minho e estão agora a trabalhar no setor financeiro (as competências bases são o mais importante). Recentemente, e por falar em setor financeiro, dei também inicio a um estágio de verão e uma das funções que terei de realizar é desenvolver pipelines bioinformáticos na análise de ativos financeiros para o apoio à decisão (eu escolhi o percurso Apoio à Decisão Clínica, por isso calha bem!). Não te vai restringir de todo! :)

Para concluir, e se tiveres interesse nesta área, creio que é questão de veres o que gostas mais - se gostas mais da biologia computacional ou da bioinformatica, se preferes algo mais geral com um plano curricular mais flexivel que te permita trabalhar em áreas como a modelação ecológica, por exemplo, ou se queres algo mais focado para o ramo clínico, etc.

1625529413281.png
 
Última edição:
Tópicos Semelhantes
Thread starter Título Fórum Respostas Dia
D Mestrado Bioinformática ou Licenciatura Biologia Ensino Superior - Geral 0
V ESSPPorto Mestrado em BioInformática e BioEstatística Aplicadas à Saúde (ESTSP) Instituto Politécnico do Porto 3
I UMinho Bioinformática/Biotecnologia (Mestrado) - UMinho Universidade do Minho 9
D Bioinformática, Bioquímica ou Ciências Biomédicas Ciências 6
S Bioinformática Tecnologias 8
AnônimaR Mestrado em Português como Língua Segunda e Estrangeira Humanidades, Secretariado e Tradução 0
M Escolher o Mestrado Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 1
C Mestrado Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 1
M Acesso ao Mestrado Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 1
R.Morais Tese de mestrado/mudança de universidade Mudança de Curso, Transferência e Reingresso 1
I Duvidas sobre bolsa de estudo no ingresso do mestrado Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 1
B Candidatura Mestrado FCSH - CPRI Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 1
D Consigo tirar um mestrado em Engenharia Biomédica, com uma licenciatura em Biotecnologia? Tecnologias 1
B Mestrado em análises clínicas Saúde 1
Z Licenciatura em biotecnologia medicinal ou engenharia física para mestrado em engenharia biomédica? Ciências 4
C Mestrado de Especialização Avançada Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 0
P Mestrado com candidatura condicional Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 2
M Transição Mestrado Integrado em Engenharia Informática Ensino Superior - Geral 3
AnaOliveira3 UMinho Mestrado em Ciências da Saúde na Escola de Medicina da UMinho Universidade do Minho 0
A Mestrado em Neuropsicologia - ONDE? Ciências Sociais e Serviços 1
Saragouveia1 Alojamento em Mestrado Bolsas e Residências 1
Saragouveia1 Bolsas mestrado Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 3
R Entrada num mestrado via politécnico Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 2
Ricardo Santos Rosa Mestrado em Desporto na UTAD, na UBI ou na UÉvora Desporto e Artes do Espetáculo 0
C Mestrado na FLUL Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 2
M Da Gestão ao Mestrado em Engenharia Informática: é viável? Tecnologias 1
C Média de licenciatura suficiente para mestrado? Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 2
M UAlg Mestrado em medicina-UAlg Universidade do Algarve 3
P Mestrado em Economia Ciências Económicas e Empresariais 0
Rita_00 Educação básica para mestrado em ciências da educação Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 0
Rita_00 De educação básica para mestrado em ciências da educação Educação 1
P FEP Mestrado em Contabilidade e Controlo de Gestão FEP Universidade do Porto 0
L UBI Mestrado em Ciências Biomédicas (UBI) Universidade da Beira Interior 0
CatarinnaL Mestrado em Conservação e Restauro Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 0
A Licenciatura em direito e mestrado em RI Ciências Sociais e Serviços 0
D Mestrado área ciências da vida Saúde 0
D Mestrado área ciências da vida Ciências 0
D Onde tirar mestrado de Biomedicina/Bioquímica/Genética Ciências 2
D Mestrado em Direito com licenciatura em Solicitadoria Mestrados: Candidaturas e Dúvidas 1
S FAUL Se deixar disciplinas por fazer posso passar para o 4 ano de mestrado integrado ?-FAUL Universidade de Lisboa 0
D ESSPPorto Mestrado Bioquímica Instituto Politécnico do Porto 0
D IPPorto Mestrado em Bioquímica em Saúde ESSPorto Instituto Politécnico do Porto 0
A Mestrado em EGI: ISEP ou UA Tecnologias 0
Catarina_Gui ULusíada Mestrado em psicologia clínica na lusíada do Porto Universidade Lusíada 0
J Mestrado nos EUA Estudar no Estrangeiro e Programas de Mobilidade 2
S IPG Mestrado Marketing e comunicação IPG Instituto Politécnico da Guarda 0
C ISEG ISEG- mestrado Universidade de Lisboa 0
C Licenciatura em Desporto e Mestrado em Fisioterapia Saúde 0
I Trajar no Mestrado Tradições Académicas 2
Carlitos Magalhães UMinho Mestrado na U.Minho Ciências da Comunicação Universidade do Minho 0

Tópicos Semelhantes