Acho que deves pensar em vários fatores, um deles sendo o alojamento. Estudar fora de casa é bastante caro (alugar quarto está cada vez mais caro e a longo prazo está insustentável) mas cada um avalia a sua situação. Em termos académicos acredito que o nível de ensino é semelhante (já tirei uma licenciatura em Coimbra e falo com colegas de outras faculdades e é semelhante, acredito que para CF seja igual).
Estou na mesma situação que tu, quero entrar este ano em CF e tenho média para entrar em todo o país, mas vou escolher Coimbra porque é relativamente perto de onde moro e posso ir e vir.
Quanto a parte do espírito académico o de Coimbra é incrível, é uma cidade relativamente pequena e com bons transportes públicos, a faculdade de farmácia têm ótimas instalações e relativamente recentes, com um corpo docente de excelência.