Olá :) eu estou na FFUP e pelo que me parece a FFUP é a que está mais voltada para a investigação do que as outras faculdades de CF. A química importa muito mas só nos primeiros 2 anos, depois o curso começa a ser mais voltado para a parte humana, tipo doenças, como curá-las/tratá-las, microorganismos (bactérias, vírus, etc). Consegues fazer bem o curso se não entenderes muito de química. Claro que te podem faltar umas bases, mas desenrascas-te bem. Eu não tive química no 12º (e parecia me importante ter tido) mas consegui na mesma fazer tudo, só perdia umas horitas a tentar apanhar as bases :)
A investigação, apesar de dar para imensas coisas, não é propriamente uma graaaande saída porque está muito difícil arranjar bolsas e muita mas mesmo muita gente quer investigação e chega à altura e percebe que não é isso que quer (não estou, de todo, a querer influenciar-te, apenas a alertar-te). Para além de farmácias comunitárias e hospitalares, CF dá também para indústria (tanto na parte de síntese como na de distribuição, controlo de qualidade, seja de alimentos, medicamentos, cremes, etc etc, parte administrativa, marketing....), análises clínicas, ciências forenses e toxicologia (tipo CSI)....... Olha, dá para tanta mas tanta coisa que eu diria que investigação ocupa apenas 1% das saídas (número atirado à sorte, não tenho dados :D )
Agora depende um bocado de faculdade para faculdade, cada uma orienta para saídas diferentes, mas no fundo o curso é igual e tu tens as mesmas oportunidades de trabalho em diferentes áreas independentemente da fac de onde vens