Olá. Sou capaz de já estar um bocado atrasada para a tua pergunta, mas pode ser que ainda te ajude.
Eu vivi no Porto e estudei em Aveiro por semestre e meio. É possível e se realmente queres esse curso vale a pena (o curso que eu queria também só existia na ua). A viagem demora um pouco mais (essa hora e meia que referiram) agora por causa das obras na zona da granja e valadares, mas quando elas acabaram em princípio será muito mais rápido.
Os horários da uni costumam ser bastante compatíveis com os comboios (dá tempo suficiente para ficares à conversa com amigos depois das aulas e ainda ir a pé para a estação com calma) e podes sempre aproveitar as viagens para estudares ou tratares de assuntos que andas a evitar tratar (estar tanto tempo num comboio todos os dias ajudou-me muito a lidar com a minha procrastinação ahahaha).
Honestamente o pior das viagens é teres que acordar muito cedo quando tens aulas de manhã (quando tinha aulas às 09:00 acordava às 06:10 e eu vivia relativamente perto da estação.), mas podes sempre dormir no comboio e os atrasos da cp (que são um bocado frequentes).
Também há certas experiências que eu não tive, porque estava dependente dos comboios como ir sair à noite com amigos ou ir a OT's, mas conheço pessoas que fazem a mesma viagem que eu e continuaram a participar nessas atividades.
A meio do segundo semestre arranjei casa em Aveiro e não te vou mentir é muito prático e definitivamente ajudou-me com os meus horários, mas sinto falta das viagens diária de comboio às vezes.
Não conheço a tua situação, mas não consegues viver em Aveiro por razões financeiras os quartos lá são mais baratos do que no Porto e podes sempre tentar candidatar-te às residências de estudantes da ua que são boas e têm um preço acessível pelo que me lembro.
Espero ter ajudado :)
PS: Uma vantagem de fazeres a viagem porto-aveiro é que se por acaso precisas de voltar depressa para casa podes sempre apanhar um alfa ou intercidades algo que quem vive nas estações onde o só passa o suburbano não pode.