Olá! Eu também me vou candidatar à Católica e sinceramente foi algo que ponderei muito bem...
As principais diferenças, para mim, resumem-se ao método de avaliação, à empregabilidade e à facilidade de conseguires estágios, adquirindo assim experiência. Em relação à avaliação, tu podes escolher se preferes avaliação contínua ou seres avaliado apenas com base em exames finais, na FDUP só tens a hipotese de ser avaliado com base num exame, o que pode não te beneficiar. A empregabilidade da Católica do Porto encontra-se na ordem dos 95%, o que na área é algo a ter em conta, e além do mais promovem muitos estágios em grandes escritórios do país. Há que ter em conta que é uma instituição, à semelhança da FDUP, bastante prestigiada e que tem programas de mobilização muito bons, chegando a teres a hipótese de ter cadeiras em inglês. Ah, outra coisa, chegando lá tens logo de fazer um exame de inglês e um de conhecimentos básicos de informática (word, powerpoint e excel), porque, de acordo com a Católica, um jurista tem de dominar estas áreas.
Sei que não te dei uma perspetiva aprofundada, principalmente acerca da FDUP, mas pelo que eu li e pelos testemunhos de pessoas que conheço, decidi-me pela Católica porque acho que é uma boa escola que te oferece muitas oportunidades aos seus estudantes :)