Tens que fazer a matrícula dentro do prazo que a faculdade definiu, caso contrário, não ficas com a vaga (se quiseres ficar com a vaga). Se fores colocada num novo par instituição/curso na 2ª fase, a tua matrícula da 1ª fase é anulada, de qualquer forma, existe sempre o risco de não ficares colocada, pelo que te aconselho a fazer a matrícula.