Olá! Eu acabei este ano a Licenciatura em Engenharia Informática no ISEP, então só te posso falar da minha faculdade.
O ensino no ISEP é muito prático (ao contrário de Aveiro, que tens um ensino mais focado na componente teórica). Todos os semestres tens uma cadeira chamada LAPR (Laboratório/Projeto), que consiste em, basicamente, realizar um projeto durante os 3 meses que envolve todas as cadeiras desse semestre, como se fosse uma simulação do mercado de trabalho no mundo real. Depois, vais sendo avaliado ao longo do tempo, pelos teus professores e por um professor de LAPR, que serve de teu cliente (como se fosse o teu cliente na empresa onde trabalhas).
É um curso puxado (não é dos mais fáceis, mas também não é dos mais difíceis) e se realmente gostares de Engenharia Informática, ficas muito bem servido! A avaliação da maioria das cadeiras consiste em testes/trabalhos e exame final obrigatório, o que é um bocado trabalhoso, mas se fores acompanhando desde o 1º dia, safaste bem (eu fiz tudo sem deixar nenhuma cadeira para trás, mas se deixares, também não é o fim do mundo).
Não sei o teu nível de conhecimento em programação, mas caso não tenhas conhecimentos nenhuns ou muito poucos (como eu tinha quando entrei), consegues-te adaptar facilmente, porque o 1º semestre é mesmo muito introdutório e eles deixam todos os alunos ao mesmo nível, começamos mesmo pelos básicos dos básicos. Mas recomendo-te a analisar o plano de estudos (se precisares de ajuda com alguma cadeira, pergunta).
Os professores em geral são muito simpáticos e a entreajuda entre alunos é muito boa! Por exemplo, eu criei um servidor de Discord para o nosso curso (além dos grupos do Whatsapp divididos por ano) e toda a gente tenta ajudar como pode. Eu criei resumos para quase todas as cadeiras que valem a pena e temos sempre disponibilizados as resoluções dos trabalhos/exames dos anos anteriores.
Acho que ficas bem servido em ambas, mas o que te deves focar mais é se preferes um ensino mais teórico ou mais prático. No meu caso, estava indecisa entre o ISEP e a FEUP e escolhi o ISEP por ser mais prático e não me arrependo minimamente. Acho que neste curso o facto de ser mais prático e trabalhares como se estivesses no mercado de trabalho ajuda.
Se tiveres alguma dúvida, podes perguntar à vontade :) (e se um dia quiseres fazer uma visita ao ISEP, eu sou embaixadora do ISEP, então posso receber-te e ajudar-te com o que precisares).