Olá!
As cadeiras de Eng. Biomédicas dadas na FML são cadeiras adaptadas a engenheiros, penso que não te dão nenhum tipo de equivalência caso vás para um curso de medicina. Basicamente, as cadeiras são de medicina mas não do curso de Medicina (se é que faz sentido).
Relativamente ao processo de entrares em Medicina, é como já disseram, tens de fazer os exames e, dada a tua média de secundário, terias de tirar muito perto de 20 em tudo para conseguires ingressar no curso, o que me parece um bocadinho irrealista porque mesmo sabendo a matéria toda, há condicionantes (entre elas o stress) que às vezes acabam por nos prejudicar. Adicionando o facto de não estares familiarizado com a matéria, ia ser um projeto que te ia consumir imenso tempo,
imho.
Acho que as soluções que tens são:
- Tentas fazer as 3 provas de ingresso (sem dúvida a que dá mais trabalho e tens uma probabilidade relativamente baixa de entrar)
- Fazes o exame de BG A ou FQ A e ingressas num curso da área da saúde com ideia de entrares pelo concurso de acesso por licenciados (Concurso Especial para Acesso a Medicina por Licenciados | DGES). As médias são mais baixas, tinhas de fazer menos exames mas tinhas de passar outra vez pelo processo de candidatura para entrares em medicina (entras no 3º ano do curso, se não estou em erro)
- Tentas ingressar num curso no estrangeiro onde a tua média/curso do secundário é irrelevante como em Itália
Fora isso, garante que queres mesmo tirar medicina. Eu sei que as aulas na FML são giras (porque já tive em biomédica

) mas são muito superficiais quando comparadas às de um curso de medicina e, fundamentalmente, têm objetivos diferentes.
Boa sorte! :)