Em primeiro lugar, eu vou aplicar para Física no Porto, e essa foi uma pergunta que eu também fiz, só que no meu caso eu tive duvidas até perceber que Física era a minha casa.
Engenharia Física:
Como "Engenharia" indica, é algo de mais prático, trabalham com tecnologia de ponta em otica, nanotecnologia, criogenia, materias, etc embora o grande enfoque de mestrado seja mesmo a ótica e a física térmica. Podes ver aqui as informações disponibilizadas pela FCUP:
http://sigarra.up.pt/fcup/pt/cur_ge...igem=CUR&pv_tipo_cur_sigla=MI&pv_curso_id=890
Em suma é algo de, maioritariamente, aplicado à industria de ponta, tecnologia de ponta, embora claro que tenha investigação.
Física:
É algo mais teórico, a licenciatura tem enfoque nas várias áreas da física de forma equilibrada (Mecânica Clássica, Mecânica Quântica, Termodinâmica, Electromagnetismo, Relatividade) embora no Porto penso que só tenhamos uma cadeira de Mecânica Quântica e seja no final da licenciatura. Um mestrado em física será uma procura de aprofundamento dos conhecimentos a caminhar para Astronomia, Astrofísica, Física Teórica, Física Aplicada, Física Tecnológica ou Nanotecnologias e Matemáticas. Informações da FCUP:
Licenciatura:
http://sigarra.up.pt/fcup/pt/cur_ge...rigem=CUR&pv_tipo_cur_sigla=L&pv_curso_id=888
Mestrado:
http://sigarra.up.pt/fcup/pt/cur_ge...rigem=CUR&pv_tipo_cur_sigla=M&pv_curso_id=893
O caminho da Física é maioritariamente no ramo da Investigação e Educação, formação de "cientistas" e "professores", pois poucos conhecimentos práticos para a economia terá, excetuando as fantásticas aplicações possíveis da Física na previsão das flutuações das bolsas de valores, pelo que sei alguns bancos recrutam gente com conhecimentos para esta área.