Olá!
Eu não estudei em nenhuma das duas faculdades, porém tenho ideia que a FCUL tem vindo a crescer e talvez tenha mais visibilidade. De qualquer modo, o curso deve ser muito parecido em ambas as faculdades e Engenharia Informática tem MUITA saída. É a engenharia com mais empregabilidade e salários competitivos em Portugal. No estrangeiro o mesmo, ganha-se ainda mais.
Com isto quero dizer para não te preocupares, que ficas muito bem servido com qualquer uma das faculdades. Porém respondendo à tua pergunta mais diretamente, eu escolheria FCUL.
Cumprimentos