Olá. Desculpa envolver-me na discussão, mas respondendo à tua pergunta, sim.
A nota a matemática vai influenciar a nota interna. Mas não tem um efeito muito significativo se for só a matemática que tenhas uma nota muito mais baixa que as restantes. Aconselho-te a fazeres alguns testes para perceber a influência da nota de matemática na média interna. Tens aqui um link que podes usar para testares
Cálculo de média do Secundário e a média de acesso ao Ensino Superior
Por outro lado, terás de ter em atenção as provas de ingresso que pedem para o curso que pretendes. Se por exemplo escolheres um curso que te peça como PI exame de matemática A a valer 50%, a nota que tiveres em EXAME [ aqui ja n entra a nota interna] vai contar muito na tua nota. Se tiveres uma media interna de 17 e tiveres uma pi de 11, nas condições mencionadas anteriormente a tua média baixa para 14! :)
Se precisares de ajuda com alguma coisa relacionada a matemática podes dizer. Bons estudos!