Nestas coisas é logo denunciar a situação à DGES, que deve regularizar a situação com a instituição. Ou teres uma resposta deles que possas encaminhar à instituição. Infelizmente há muita gente a inventar regras que não existem...
As universidades têm todas até ao fim do dia de hoje (31 de agosto) para encaminhar à DGES a lista completa de alunos que não fizeram a matrícula, para que essas vagas sejam disponibilizadas aos candidatos da 2ª fase. Não faria sentido que a faculdade inclui-se aí a tua vaga, mas só eles podem validar.
Na dúvida, faria já uma exposição do caso à DGES para que fique registado na eventualidade de algum problema futuro:
www.dges.gov.pt