Olá!
Estou no 2.º ano de Medicina na FMUC. Até agora tive de fazer duas apresentações orais em inglês (as professoras "incentivavam" que as fizéssemos em Inglês para nos irmos habituando, e toda a gente seguiu a "sugestão"). Há muitos colegas que diziam não estar à vontade a falar nessa língua, mas a verdade é que toda a gente se arranjou bem, até porque podes treinar em casa o que ias dizer :p
De resto, quase todos os artigos científicos (que por uma razão ou por outra tens de consultar) estão em Inglês, e os atlas de Anatomia que compramos também costumam estar em Inglês, simplesmente por serem mais baratos que as versões em Português (podes sempre comprar na língua de Camões, portanto :p) - mas tu dizes que a ler/perceber não te causa problemas (para além de que os nomes técnicos são semelhantes ao portugueses...)
Ah, e também tive uma cadeira de Inglês médico, mas é opcional, podia ter escolhido outra coisa qualquer. :)
Resumindo: embora também concorde com o conselho do Ricardo de que devias posteriormente melhorar o teu Inglês (porque, quando fores médico, terás de fazer apresentações em Inglês em congressos), não deve ser, de todo, isso que te impeça de escolher Medicina.
Boa sorte!