Olá!
Fui aluno do mestrado em Bioinformática Clínica na Universidade de Aveiro. Estou agora em fase de conclusão da tese (estágio, no meu caso)
Relativamente ao mestrado, acho que é um mestrado recente que se tem vindo a consolidar ao longo do tempo.
Dá-te ferramentas muito úteis e que têm muita procura neste momento, como por exemplo programação em Python, R, SQL. Não precisas de ter quaisquer bases de programação, uma vez que as cadeiras são introdutórias.
Aprendes a implementar pipelines de diversas análises de NGS; Aprendes um pouco de genética e genomas (se escolheres esse ramo - que foi o meu caso)
Depois tens oportunidade de aprender um pouco de Data Science e Machine Learning e de Estatística aplicada ao contexto da saúde.
No entanto, achei o tempo do mestrado curto para aprender todo o mundo que é a bioinformática. Há muita coisa que vais ter de ser tu a aprender por ti própria, se quiseres aprender mais.
Ainda assim, o professor Bruno Gago, o atual diretor do mestrado, é uma pessoa muito acessível e super atenta às necessidades dos alunos. No próximo ano haverá mudanças e o diretor vai passar a ser o professor Miguel Pais Vieira. Nesse sentido, tanto com um, como com o outro, vais ter um acompanhamento constante e mil e uma oportunidades para aprender mais. Eles costumam ser muito receptivos e, portanto penso que os poderás contactar para saberes mais sem qualquer tipo de problema.
Eu costumo dizer que até aqui o que se tem visto nesta área são pessoas da informática e afins a fazer este trabalho de bioinformática, ou seja, com muito poucos conhecimentos de saúde, genética e afins. O surgimento deste mestrado veio colmatar essa falha porque são pessoas da saúde, da genética a aprender um pouco de informática o que, na minha opinião, consegue ser muito mais proveitoso.
Nos últimos anos do mestrado a maior parte dos alunos opta por fazer estágio em vez de tese, uma vez que há um conjunto de parcerias já estabelecidas com diversas empresas. No geral tem corrido muito bem e muitos dos alunos que por lá passam acabam por ficar. O trabalho remoto é uma realidade e na maior parte dos casos visto com bons olhos.
Não sei se fui suficientemente esclarecedor, portanto se tiveres mais alguma questão está à vontade