Olá!
- Uma pergunta: mas o curso A a que vais candidatar-te no CNAES é noutra instituição ou é o mesmo curso e faculdade que frequentas? Se for o mesmo curso, não deves candidatar-te ao mesmo, porque já estás nesse curso. Podes ingressar pelo CNAES no curso B sem que isso comprometa a tua matrícula no curso A. Porém, se fizeres mudança de curso, mudas do A para o B. Portanto, para a tua primeira pergunta, a resposta é que não perdes a vaga se entrares pelo CNAES no curso B.
- No entanto, recomendo que se queres ir do curso A para o B e se entrares nos dois concursos, considera ocupar a vaga da mudança, em vez da vaga do CNAES. A razão é simples: enquanto que a mudança costuma ser concurso de fase única, o CNAES tem 3 fases. Se entrares nos dois concursos e escolheres matricular-te pela mudança, a tua vaga do CNAES é libertada (por exemplo, se for na 1a fase, a vaga vai estar disponível para alguém na 2a fase).