Bom dia, Maria Carolina!
Creio que estás a confundir alguns conceitos:
1) Primeiramente, deves saber que não existe mudança de par instituição/curso para o curso de Medicina. Só existe mudança de instituição para a UBI, mas para fazê-lo, tens de estar já a frequentar Medicina numa outra faculdade. Portanto, as únicas formas de ingressar em Medicina é pelo CNAES ou pelo concurso de licenciados.
2) Se entrares num curso e estiveres a fazer as cadeiras desse mesmo curso, não se chamam cadeiras isoladas. As unidades curriculares isoladas é quando, por qualquer motivo, estás a fazer cadeiras que não pertencem ao plano curricular do teu curso ou não estás num curso e estás só a falar disciplinas isoladas (daí chamarem-se isoladas, porque não fazem parte do teu plano curricular, quer estejas num curso ou não).
Assim sendo, penso que, se queres mesmo estudar Medicina as tuas alternativas seriam:
1) Ficares em casa a estudar para os exames nacionais para voltares a concorrer ao CNAES.
2) Ingressares num curso e simultaneamente estudares para os exames nacionais para o CNAES.
3) Tirares uma licenciatura, preferencialmente na área da saúde, para depois poderes concorrer ao concurso de licenciados, quando terminares a licenciatura.
Boa sorte!