Olá!
No teu caso, podes optar pelo ano zero ou pelo ensino recorrente. Se fores para o ano zero, tens de ter em atenção que atualmente poucas são as instituições que oferecem esta possibilidade; por outro lado, dessas que permitem-te fazer o ano zero são, (salvo erro) todas privadas. A Universidade Europeia e a Lusófona são alguns exemplos, sendo que as candidaturas para as privadas são geralmente mais cedo que as públicas, aliás, as candidaturas da Lusófona, se não me engano, terminaram esta semana. Além disso, não te esqueças que ao fazeres o ano zero, estás a estudar para as cadeiras que terás no 1º ano e ainda para Matemática, ou seja, pode ser mais difícil de gerires os estudos.
Face ao exposto, vamos ver a tua situação caso vás para o ensino recorrente: como tens classificação interna de 10 a Mat., ao deixares o ensino diurno, a tua nota será "convertida" e ficas com o 10 e, consequentemente, a disciplina automaticamente feita. Em contrapartida, tens de fazer uma disciplina anual (Biologia, Geologia, Física ou Química - escolhes uma que não tenhas feito no 12º). Essa disciplina será feita por 3 módulos no regime presencial (vais às aulas normalmente, fazes os testes e tens a nota), ou pelo regime não presencial (não vais às aulas, mas tens de estudar de forma autónoma e a tua nota dependerá dos exames que são feitos em 3 épocas - janeiro, abril e junho/julho). Uma coisa a ter em conta: penso que a possibilidade de escolha do regime presencial/não presencial varia conforme a escola e o mesmo em relação aos exames, pois tanto podes fazer um exame em janeiro que venham os 3 módulos, ou então fazes o 1º módulo em janeiro, 2º em abril e o 3º em junho.
Ainda em relação ao ensino recorrente, deves ter em atenção também que, devido à forma como é calculada, a tua média é capaz de cair ainda um bocado, sobretudo se havia disciplinas em que tinhas altas notas (para aí acima de 17, como é costume nas opções de 12º), porque ficas sem as disciplinas de opção que fizeste no 12º ano (por ex Biologia + Aplicações). No ensino recorrente, a tua média passa a ser calculada assim: 70% notas do secundário + 30% da soma dos 4 exames - e no caso dos exames, fazes a média independentemente de teres tido 2 ou 20 no exame, não há problema. A tua média total é que não pode dar abaixo de 9,5. Claro que depois se quiseres concorrer ao ensino superior, terás de ter positiva num desses exames, ou num outro que não seja do plano curricular de Ciências (sei lá, fazeres o exame de Inglês caso precises dele para a faculdade), mas atenção que se fizeres de Inglês não entra para a soma dos 4 exames, pois esta é composta pelos exames de PT, Mat. A, FQ e Biologia e Geologia/Geometria Descritiva.
Espero ter ajudado e boa sorte! :)