Eu acho que deve mudar de instituição para instituição, mas não tenho certeza. Apenas posso falar-te de como é na minha universidade.
No Iscte se reprovares o ano (para isso acontecer tens de chumbar a mais de 24 ECTS, ou seja, chumbas se não passares a 5 cadeiras ou mais) tens de pagar um valor correspondente ao número de cadeiras que chumbaste.
Assim sendo, numa licenciatura de 3 anos vais pagar o valor correspondente aos 3 anos + o valor correspondente às cadeiras que tens de repetir (se não estou em erro, se chumbares a 5 cadeiras pagas metade da propina anual, se chumbares a mais, penso que o valor será maior)