Olá!
Não te preocupes com isso de "teres ou não teres bases para Medicina". Escolhe as disciplinas em que tiram melhores notas, geralmente, na tua escola e está ótimo! Tudo aquilo que for preciso saberes para seres um/a bom/boa médico/a, aprenderás durante os 6 anos do curso e daí para a frente também; não são as disciplinas opcionais de 12º ano que vão facilitar ou dificultar esse processo.
Na minha altura, escolhi Biologia e Inglês, porque a Biologia dás alguns temas relacionados com o corpo humano (logicamente é interessante para quem quer Medicina, mas são conceitos muuuuuito gerais e básicos, que não fazem quase diferença nenhuma mais tarde, porque, no curso, darás tudo o que é preciso, do básico ao complexo) e a Inglês, pessoalmente, porque tive 19 e 20 nessa disciplina no 10º e 11º, respetivamente, então apostei nisso por uma questão de subir a média.
Em relação a química, acho que não tem praticamente importância nenhuma. Eventualmente pode surgir num tema ou noutro durante o curso, nos anos básicos, do 1º ao 3º ano (agora estou a lembrar-me, por exemplo, de algumas reações através das quais se formam espécies reactivas de oxigénio, que falei em fisiopatologia, algo muito pontual no meio daquela imensidão de matéria), mas são coisas muito ligeirinhas, não tem nada nada a ver com ter uma cadeira de química hardcore na universidade, num curso diferente. E mesmo quem tiver uma cadeira dessas, sem ter tido essa opcional, consegue fazê-la na mesma, não é por aí.
Fiz estas escolhas também sabendo que, na minha escola, eram disciplinas onde a malta tirava boas notas, frequentemente. Isto varia muito de escola para escola, obviamente (depende muito dos professores, trabalho exigido, etc).
Boa sorte!