Como o
@ricardob95 disse, a qualidade é sempre muito subjetiva. Por exemplo, eu e algumas amigas minhas tiramos a licenciatura de Línguas Aplicadas à Tradução na FLUP. Para o mestrado, uma de nós ficou na FLUP, outra foi para o Minho e eu para o ISCAP e cada uma de nós diz que o nosso é o melhor na nossa opinião! Tens de ver qual é que é melhor para o teu perfil (se quiseres explico melhor as diferenças).
Na FLUP é preciso fazer provas de admissão à(s) língua(s) a que te candidatas (podes escolher um perfil de estudos de uma língua ou de duas sem ser o português) e uma entrevista, mas no Minho não (e no ISCAP também não). Na FLUP fazes o exame que te apresentam e se passares consideram que tens o nível indicado (mesmo que, por exemplo, na licenciatura só tenhas feito até ao nível B1 de uma língua, podes estudar e passar ao B2). No Minho (e no ISCAP,) pedem um nível mínimo de cada língua (obrigatoriamente duas línguas sem ser o português), mas acho que também são flexíveis se não o tiveres. Não sei falar dos outros mestrados, mas essa informação existe sempre online.