Olá,
Tu podes fazer os exames nacionais como melhoria para substituir a nota de cada disciplina individualmente, se a nota do exame for melhor. Assumindo que fizeste o ensino secundário pelo percurso comum, se não fizeres exame para melhoria de alguma disciplina a nota interna dessa disciplina é o que vai contar sempre.
Isto era sobre o Concurso Nacional de Acesso. Tens outros concursos, como o concurso para Licenciados ou o concurso para maiores de 23 anos que não usam as notas do secundário.